vignettes/biodivMapR_15.Rmd
biodivMapR_15.RmdCe tutoriel accompagne la séquence 2 de la section Cartographie de la biodiversité par imagerie satellite du module de formation COPERNICUS et biodiversité de la Copernicus Academy.
Il permet de télécharger les données de reference utilisées lors du module. Ces données de références sont issues d’une publication scientifique produite par Chaves et al. (2020) et publiée dans la revue Remote Sensing. Elles sont disponibles librement sur le site pangaea.de, en suivant ce lien. Les données correspondent à des cartes de composition floristiques produites sur la forêt péruvienne à partir de différentes sources de données comprenant:
l’inventaire forestier péruvien
des données d’imagerie satellite Landsat
des variables climatiques, édaphiques et d’élévation
Le téléchargement des données de référence peut s’effectuer manuellement en visitant les pages citées ci-dessus. Il est aussi possible de réaliser ce téléchargement à l’aide d’un script R fourni ci-dessous. Une fois téléchargée, l’archive est dézippée.
# load library
library(utils)
# define file name to be downloaded from resource online
zipfile <- 'maps_flora_Peru.zip'
# source: zipfile online
url <- file.path('https://download.pangaea.de/dataset/921729/files', zipfile)
# destination: local directory
Path_Data <- '../01_DATA'
destzip <- file.path(Path_Data,zipfile)
# download and unzip data
download.file(url = url, destfile = destzip)
unzip(zipfile = destzip,exdir = Path_Data)