vignettes/biodivMapR_14.Rmd
biodivMapR_14.RmdCe tutoriel accompagne la séquence 1 de la section Cartographie de la biodiversité par imagerie satellite du module de formation COPERNICUS et biodiversité de la Copernicus Academy.
Il permet de mettre en place un répertoire de travail et de télécharger l’arborescence de dossiers et les fichiers nécessaires au bon déroulement de cette section de formation.
Dans un premier temps, vous devez définir un répertoire de travail principal, dans lequel vous pourrez stocker vos données, vos scripts R, ainsi que les résultats des traitements que nous réaliserons ensemble.
Ce répertoire de travail doit être sur un disque ayant suffisamment d’espace disponible. Comptez au minimum 10 Go d’espace disponible pour le bon déroulement de l’ensemble des tutoriels.
Dans le script suivant, le chemin d’accès absolu de votre repertoire
de travail est symbolisé par your/working/directory:
# define working directory
your_WD <- 'your/working/directory'
setwd(your_WD)Le bon déroulement des tutoriels nécessite aussi d’adopter une arborescence de dossiers spécifique pour faciliter la gestion des nombreux fichiers qui seront lus et écrits par la suite.
Cette arborescence, ainsi que l’ensemble des scripts utilisés durant cette formation, peuvent être téléchargés automatiquement à l’aide des instructions suivantes :
# library
library(zip)
# define data directory
Path_Data <- './'
dir.create(Path_Data,showWarnings = F, recursive = T)
# name zip file including plots located on the tile
zipfile <- 'arborescence.zip'
destzip <- file.path(Path_Data,zipfile,fsep = '\\')
# url for the zip file
url <- file.path('https://gitlab.com/jbferet/myshareddata/-/raw/master/COPERNICUS_ACADEMY/BIODIVERSITE', zipfile)
download.file(url = url, destfile = destzip)
unzip(zipfile = destzip,exdir = Path_Data)
# set directory where R scripts are as the working directory
setwd('02_PROGRAMS')Cette arborescence contient les informations suivantes:
01_DATA: contient le fichier
T18MZB_PeruAmazon_Subset.kml correspondant à l’emprise de
la zone d’étude02_PROGRAMS : contient les scripts R utilisés
lors de ce tutoriel, notamment :
Main_00_S2_availability.R, qui contient les
instructions pour interroger sur les données Sentinel-2 disponibles sur
la zone d’étudeMain_01_Download_S2.R, qui permet de télécharger et
prétraiter les données Sentinel-2Main_02_biodivMapR_S2.R, qui permet de produire des
cartes d’indicateurs de biodiversité à partir des données d’imagerie
Sentinel-2L’arborescence sera complétée au fur et à mesure par les données de référence, les données d’imagerie Sentinel-2, et les produits issus de l’analyse de ces données Sentinel-2.